En estos años de presencia musulmana, la mayor parte de la población de nuestra comarca seguiría siendo cristiana, como ocurría en la mayor parte del Al Andalus rural y en especial en la zona del reino de Toledo, al cual pertenecía Albares. Estos cristianos que habitaban en territorio de dominio musulmán se llamaban mozárabes y hablaban un idioma romance procedente del latín. La población sería muy escasa y el único lugar habitado de la zona quizás fuera Almoguera (en árabe significa "la cueva"). En esta época el pueblo de Albares probablemente aún no existiera. Aunque el lugar donde se asienta puede que ya se dominara así en la lengua mozárabe de la zona. La palabra "Albares", al igual que la palabra castellana "Albar", quiere decir en plural "tierra blanquecina en altos y lomas", definición ésta que coincide con la situación de nuestro pueblo. Puede también que este nombre se lo dieran los castellanos tras la reconquista.

El año 1085 es fundamental para la historia de nuestra tierra, pues en dicho año fue conquistado el reino taifa de Toledo por el rey Alfonso VI de Castilla. Junto con Toledo, las crónicas de la época hablan también de la conquista de Almoguera y su comarca por los castellanos. Jiménez de Rada, cronista de la época, cita a Almoguera entre las conquistas de Alfonso VI tras la toma de Toledo en la primavera de 1085. Fue el primo del Cid, Alvar Fáñez de Minaya, el que conquistó estas tierras para el Reino de Castilla y se convirtió en propietario de la zona hasta 1114.

Con la conquista del Alfoz de Almoguera (villa de Almoguera y tierras de su jurisdicción) se abre un periodo incierto y conflictivo que dura hasta mediados del siglo XII.

Durante este periodo, el Alfoz de Almoguera constituye parte de la frontera castellana en los límites de la zona musulmana, que se situaba al otro lado del río Tajo. Esta zona era una zona vital pues debía de asegurar el paso hacia Toledo, por lo que era ambicionada tanto por los musulmanes como por los cristianos. Los cristianos, conscientes de ello, fortificaron la zona, construyendo castillos en lugares estratégicos como el que probablemente existió en nuestra localidad y de cuya existencia sólo queda el nombre con el que se designa un barrio. La zona puede que incluso estuviese algunos años de nuevo en poder de los musulmanes (almorávides), pues Alfonso VII concedió un privilegio a los habitantes de Almoguera para resarcirles del daño ocasionado por las incursiones Almorávides.

En el año 1124, el Alfoz de Almoguera ya debía ser cristiano, pues en ese año Almoguera y Zorita delimitaron el territorio de sus respectivos Alfoces. Desde el año 1114, la zona pasó a depender directamente del monarca de Castilla , Alfonso VII, que tuvo un gran interés por la defensa de la comarca, para lo cual entregó ciertos lugares a señores para que los repoblasen, pues los largos años de zona fronteriza e insegura habían dejado el lugar muy despoblado.

En el año 1157, fue reconquistado Ucles por los castellanos, esto supuso el desplazamiento de la frontera castellana más hacia el sur y que el Alfoz o Tierra de Almoguera ganase en tranquilidad. Va a ser probablemente en este contexto de mayor tranquilidad, a mediados del siglo XII, cuando se inicie la historia de Albares, así como de la mayor parte de los pueblos de nuestra zona. Estos pueblos surgieron en lugares despoblados que ocupaban lugares estratégicos para la defensa de los valles que dan acceso al río Tajo. El origen de nuestro pueblo es, pues, seguramente, castellano. No sabemos quiénes fueron sus primeros pobladores, puede que fueran gentes venidas de los reinos cristianos del norte o también cristianos mozárabes que huían de sus lugares de origen en territorio musulmán.

El pueblo se situó en una ladera sobre el valle de Albares y dirigida hacia el mediodía. Esta situación le confiere al pueblo un clima sano y saludable resaltado en las relaciones de los siglos XVI y XIX. La tradición nos ha transmitido que el pueblo pudiera fundarse en un principio frente a su situación actual en los alrededores de la ermita de Santa Ana, y esta primera situación se abandonó por estar en umbría.

Un hecho parece corroborar la fundación de Albares en tiempos posteriores a la reconquista castellana y lo podemos comprobar directamente al observar el plano de nuestra localidad. Comprobaremos que lejos de la anarquía típica de los planos de origen musulmán, el plano de Albares presenta cierta racionalidad. Aunque desde fuera el pueblo presenta la disposición concentrada y apiñada típica de los pueblos alcarreños, el interior está relativamente organizado con calles longitudinales y transversales. Esta disposición es más típica de las nuevas fundaciones cristianas posteriores a la reconquista.